Морская арктическая комплексная экспедиция была создана в 1986 году в структуре Научно-исследовательского института культуры Министерства культуры РСФСР и Академии наук СССР (позже – Российский институт культурологии и Российский научно-исследовательский институт культурного и природного наследия имени Д.С. Лихачёва) по инициативе кандидата физико-математических наук П.В. Боярского. Деятельное участие в формировании экспедиции приняли Д.Ф. Кравченко, А.П. Скворцов, А.В. Окороков, Е.Н. Склокина.
Первая концептуальная работа, посвященная деятельности МАКЭ, была опубликована в 1989 году и называлась «Программа комплексных исследований историко-культурной и природной среды Арктики Морской арктической комплексной экспедиции НИИ культуры 1986-2000 гг.» (М.: Министерство культуры РСФСР, Академия наук СССР, НИИ культуры, 1989. 135 с).
За время своего существования МАКЭ провела (и продолжает проводить) работы в Российской Арктике на следующих территориях: архипелаги Новая Земля, Земля Франца-Иосифа, острова и побережье Белого моря, о. Визе (Архангельская обл.); Малоземельская и Большеземельская тундры, о-ва Колгуев, Сенгейский, Вайгач, Долгий, Матвеев (Ненецкий АО); полуостров Ямал (Ямало-ненецкий АО); архипелаг Северная Земля, п-в Таймыр, острова Карского моря (Красноярский край); архипелаг Новосибирские острова, острова и побережье моря Лаптевых (Республика Саха (Якутия); о-вах Врангеля, Беннета, побережье Чукотки (Чукотский АО). Только с 1986 по 2020 год в Российской Арктике и Русском Севере Морской арктической комплексной экспедицией было выявлено и исследовано более 4000 объектов культурного наследия. А именно, порядка 200 объектов на архипелаге Новая Земля, более 150 на архипелаге Земля Франца-Иосифа, около 400 объектов на острове Вайгач и так далее.
По результатам исследований МАКЭ были опубликовано десятки монографий, научно популярных книг, сотни научных статей.
В настоящее время сотрудники МАКЭ продолжают заниматься изучением истории освоения Арктики, выявлением новых объектов культурного наследия в рамках совместных с партнёрами МАКЭ полевых исследований, обобщением и публикацией богатого научного материала, собранного за почти сорокалетнюю экспедиционную деятельность МАКЭ.
