Основными задачами Центра являются: научные исследования в области отечественного краеведения, региональной истории, москвоведения и крымоведения; разработка методик краеведческих исследований; создание краеведческих научно-информационных баз; разработка и реализация научно-просветительских проектов в области краеведения, москвоведения, крымоведения.
Реализация этих задач осуществляется по следующим направлениям:
— общие проблемы краеведения (источниковедение, историография, история и современное состояние отечественного краеведения, церковное краеведение, изучение истории охраны и использования культурного наследия);
— москвоведение, в том числе комплексное изучение и популяризация культурного наследия Москвы и история изучения Москвы;
— крымоведение (в том числе в рамках возрождённого Российского общества по изучению Крыма).
В течение 22 лет организуются ежемесячные научно-практические конференции – представления новой литературы и научно-просветительских проектов по краеведению и москвоведению «Краеведческие встречи на Берсеневке». С 2000 г. проходят ежегодные научные конференции по проблемам охраны и изучения культурного наследия («Барановские чтения»), с 2009 г. – по церковному краеведению и наследию («Скворцовские чтения»), с 2011 г. – историко-краеведческие «Крымские чтения», а также мероприятия по военно-историческому краеведению, топонимии и т. д.
С 2019 г. запланированы организация постоянного лектория по проблемам культурного наследия России и Москвы, научно-просветительные вечера по проблемам регионального культурного наследия (в том числе исторических городов России), создание музейно-выставочного пространства краеведческой направленности в Палатах Аверкия Кириллова на Берсеневской набережной.