Центр подводного культурного наследия (ЦПКН) был организован в 1987 г.
Центр подводного культурного наследия является приемником отдела комплексных подводных исторических исследований Морской арктической комплексной экспедиции (МАКЭ), созданного в 1986 году и Центра комплексных подводных исследований (ЦКПИ) сформированного при Научно-исследовательском институте культуры Министерства культуры РСФСР и Академии наук СССР (позже – Российский институт культурологии и Российский научно-исследовательский институт культурного и природного наследия имени Д.С. Лихачёва) сформированного в 1989 году.
Деятельность Центра направлена на проведение работ, связанных с поиском, регистрацией, изучением, охраной, музеефикацией, пропагандой и введением в научный оборот объектов культурного наследия, оказавшихся по разным причинам под водой, решением проблем, связанных с экологией водной среды. Важное место в исследованиях Центра занимает тема традиционного, народного (не регулярного) судостроения и мореплавания.
Сотрудники Центра занимаются методическими, методологическими вопросами сохранения и использования подводного культурного наследия, изучением традиционного судостроения, историей отечественного флота.
